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杜章偉於2004年代訓選秀第1輪被鯨隊選中，當時他的順位僅在統一獅隊[[高志綱]]之後 。而當時簽約前 ， 杜章偉表示，他不一定要求何種條件，最重要是雙方有默契、有交集，如果差距不大，他和家人都會接受，而且他堅信不可能一次談完就簽約，其間的溝通很重要，但球團必須展現誠意。當時鯨隊領隊林敏政開出至少比照獅隊[[林岳平]]三百五十萬簽約金，杜章偉不能認同，杜章偉說，獅隊開給高志綱的條件，絕對不可能和林岳平相同，而他和高志綱同是奧運國手，也沒有理由低於高志綱。<ref>[https://sports.ltn.com.tw/news/paper/5056 杜章偉談薪 盼比照莊宏亮]</ref> 最後 杜章偉以簽約金350萬元加盟鯨隊，另有150萬激勵獎金。杜章偉在鯨隊4個球季，合計12勝23敗，防禦率3.84，2008年鯨隊解散，他在特別選秀中未獲青睞，結束職棒生涯。