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雖然此站前稱「寺井站」，但是車站位於能美市根上地區（前・能美郡{{Translink|ja|根上町}}）中心。舊車站名稱是取自能美市寺井地區（前・能美郡{{Translink|ja|寺井町}}），距離車站以東1公里。因此，能美市向JR西日本請求把市名和地區名合成，改名為'''能美根上站'''<ref name="res20140628"/><ref name="mynavi20140628"/> ，最後在2015年3月14日正式改名<ref name="jrpress20141219"/>。