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太宁二年(324年)，钱凤等人领兵进逼建康，明帝以郗鉴为假节行卫将军、都督从驾诸军事。当时王敦军尚未完成集结，有人认为应率先由明帝亲自领兵进攻。但郗鉴认为敌军兵多不能力敌，而且王敦军来是已经惹来百姓极大的怨恨和反抗意识，亦无大方略，只求一战取胜。故此认为应当拖长战事，让其他反抗力量形成并对王敦进攻，藉以取胜。明帝听从了他的意见。郗鉴以尚书令的身份统领各屯营御敌，不久又派兵奇袭并大败王含军，四方义兵亦冒起，最终成功讨平王敦之乱。

王敦之乱被平定后，[[温峤]]上表提议，请求宽恕王敦的佐吏部属，郗鉴认为，先王推崇君臣礼教，崇尚为气节而捐躯，若是昏庸腐败的君主，才可开放城门以迎义师。王敦的僚属虽说多为王敦所逼，但居于叛逆的伪朝之中，没有出关投诚的义举，按照前代的古训，应该加以责罚。温峤又奏请因钱凤之母年高八十，应该免于治罪，朝廷同意所奏。