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淡水河紅樹林自然保留區為典型的河口生態系，範圍相當廣闊，植物林相則以屬於紅樹林植物之一的水筆仔為主，還有許多專屬海邊潮間帶生育地的植物，是相當特殊的潮間帶區域。<ref>[https://www.travelking.com.tw/tourguide/scenery102985.html 淡水河紅樹林自然保留區]，TravelKing旅遊王</ref>
形成原因
廣義來說，紅樹林是指生長在熱帶及亞熱帶之常綠灌木或喬木樹林；而紅樹林也是很有趣的植物，有些具有胎生、呼吸根、支撐根等特殊演化，也因此有其一定的作用，可維持河口濕地的豐富生態，還有防風、抗海潮侵蝕等功能，主要在於漲潮時紅樹林的生育地會淹水而形成所謂的水中森林。而在這河、海跟陸地交接的地方，不僅水、陸棲生物俱存，加上河流從上游攜帶下來豐富的物質堆積於此，亦可以養活眾多的生命；台灣原有細蕊紅樹、紅茄苳、水筆仔、紅海欖（原稱五梨跤）、海茄苳、欖李，現在只剩下後四種紅樹林，全省西部以往很容易就看得到。
淡水河紅樹林自然保留區─生態環境��
淡水河紅樹林自然保留區為典型的河口生態系，植物林相以屬於紅樹林植物之一的水筆仔為主，還有許多專屬海邊潮間帶生育地的植物，例如馬鞍藤、番杏、茳茳鹹草、蘆葦植物、白茅植物與鹽地鼠尾栗植物等，形成相當多元化的生態系統；紅樹林自然保留區動物生態相當豐富，水筆仔林底棲的有機物不僅成為蝦、蟹、魚的食物，更因此吸引水鳥們到此棲息，加上紅樹林自然保留區為東北亞鳥類遷徙的路徑上，讓這裡鳥類的生態相當豐富，過境的鳥類更高達數十種以上，像是磯鷸、翠鳥、小水鴨、中杓鷸、小環頸鴴、濱鷸等等，讓鳥類生態學家和攝影家紛紛來此朝聖；此外，紅樹林內的潮間帶生物像是招潮蟹、彈塗魚等等生物，更是來到這裡遊玩的樂趣。
==生物資源==
本區是由水筆仔、彈塗魚、招潮蟹、水鳥等構成了典型的河口溼地生態系，區內匯集來自河川上游及海洋所帶來之各種無機鹽及有機質。再加上紅樹林植物體本身枯枝落葉的分解，讓區內沈澱了大量的有機質，提供底棲動物最佳生存環境，也構成完整的碎屑食物網。在養分的循環上，紅樹林提供了鄰近水域一個發展完整的溼地生態系統，能藉著內部的水位變化以及與外界不斷地交換質能的過程中，補充新的養分和排除各種新陳代謝的廢物，不但能維持其生態系的正常運轉，也能充分地供應河口及沿海生態系所需的物質和能量。水筆仔 (Kandelia candel (L.) Druce) 是紅樹科加藤樹屬的常綠喬木，基部膨大成板根，幹基又長出許多氣根成支持根，為胎生植物，具固土、防潮、護土等功效。水筆仔矮叢林佔全區40％，為此區主要之樹種。其他植物尚可分為苦林盤型、蘆葦型、白茅型、鹽地鼠尾粟型植物社會，依調查本區植物共有21種維管束植物。 <ref>[https://conservation.forest.gov.tw/0000106 淡水河紅樹林自然保留區]，行政院農業委員會林務局</ref>