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化学工程与生物工程系原名化学工程系，创立于1991年，设置了厦门大学 <ref>[https://learning.sohu.com/a/562217422_121118940 选择厦门大学的10个理由！]，搜狐，2022-06-29</ref> 第一个化工类本科专业“石油加工”，并分别于1994年和1998年将专业调整为“化工工艺”和“化学工程与工艺”。2000年该系开始招收来自沙特阿拉伯的留学生。2002年新增“生物工程”本科专业，并于2003年更名为化学工程与生物工程系。现拥有“工业催化”博士点和“化学工程与技术”一级学科硕士学位点（涵盖“化学工程”、“化学工艺”、“工业催化”、“生物化工”四个二级学科硕士点）。2004年国务院学位办准予我系正式招收化学工程领域工程硕士学位研究生，2007年正式招收化学工程专业国际硕士，首批国际硕士于2007年9月正式入学。

化学工程与生物工程系现设有化学工程研究所、生物化工研究所和工业催化研究所，并建有化工技术基础实验室、化学工程与工艺专业实验室、生物工程专业实验室和计算机仿真实验室等教学实验室。拥有一支专业基础扎实、学术水平高、年轻化的师资队伍，包括13位教授，17位副教授，10位讲师 <ref>[https://www.sohu.com/a/128543718_614694 如何做一名优秀的讲师？这8招必备！]，搜狐，2017-03-11</ref> ；其中有9位博士生导师，具有工学博士学位的占88%。这些教学和科研骨干治学严谨、学术思想活跃、创新意识强。活跃的科研工作使他们能从学科发展的角度结合最新科研成果进行授课，并十分注重培养学生的工程意识，提高学生的工程素质修养。从真正意义上培养了一批批合格的高级工程技术人才，增强了厦门大学直接为社会服务的能力。