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民前十七年(一八九五年),日人領台後,廢止鹽專賣,對鹽業不加管理,鹽田日漸荒蕪。迨至民前十三年,日人重行鹽專賣時,北門鄉的鹽場始再興盛,計有:王爺港田鹽田、蚵寮鹽田、井仔腳鹽田(舊稱瀨東場)及北門鹽田。 日據初,期北門鄉為台南縣唯一的漁港,海航發達,漁、曬鹽一時稱盛。
日人曾在此設「北門嶼支廳」,後因港口逐漸淤塞,港口功能消失,成為單純的鹽村。道光年間「北門嶼」陸連後,有一大段時間是隸屬學甲堡,日據時代才脫離獨立為「北門庄」,光復後改庄為鄉,與將軍鄉、七股鄉為原台南縣濱海三鄉、並為魚鹽之區。現則因應台南縣、市合併改為北門區。<ref>[https://beimen.tainan.gov.tw/cp.aspx?n=6155 台南市北門區]， 台南市 北門區公所</ref>
==自然環境==
北門區位於東經120度0分42秒、北緯23度6分36秒 北門區東西長8.4公里,南北寬度12公里,面積44.1003平方公里,略呈不規則之長方形。 北門區位於台南市最西北之沿海區,係昔日「台江內海」淤淺泥積而成之沿海鄉鎮。行政區東連學甲區,西臨台灣海峽,南以將軍溪與將軍區為鄰,北挾八掌溪與嘉義縣義竹鄉、布袋鎮相接,急水溪則曲折橫貫本鄉出台灣海峽。
===水文===
北門區境主要河川有八掌溪、急水溪、將軍溪等,由測站所得之數據中的四項水質參數(溶氧、生化需氧量、懸浮固體物、氨氮)計算其河川污染指標(PRI),以瞭解各河川之污染程度,歷年(七十六年至八十五年)之水質監測資料分析結果,八掌溪多為中度污染,民國八十二年至八十五年污染程度有改善,但河川水質仍有待提升,而急水溪多為中度污染或嚴重污染程度,河川水質有待加強
===氣象===
本基地屬亞熱帶氣候,氣溫高、溼度大、氣候溫和,適合居住與戶外活動。
===動植物資源===
北門區紅樹林沼澤區的基礎生產量很高,但因環境惡劣、潮汐、乾溼、鹽度變化大,因此,消費者很難在此不穩定生態環境中存留,故「種少量多」是本區生態一大特色。
1.螃蟹種類約有14種,其中以招潮蟹為大宗,蟳具有高經濟價值。
2.北門區紅樹林沼澤中常見的貝類約8種之多,文蛤具高經濟價值,牡蠣為重要養殖貝類。
3.沼澤生態常見的魚類以大彈塗魚為主。
4.鳥類約121種之多,以候鳥為大宗,主要有高蹺行鳥、大杓鷸、黑尾鷸、秧雞等,主要範圍包括紅樹林沼澤和鄰近鹽田、魚塭等。<ref>[https://beimen.tainan.gov.tw/cp.aspx?n=6156 台南市北門區]，北門區公所</ref>