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根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所有部级重点实验室3个、所属研究中心6个及所属野外观测站7个；有在职职工444人，其中中国工程院院士<ref>[https://www.sohu.com/a/451370121_260616?tc_tab=news&block=focus&index=1 涨知识｜中国工程院院士如何出炉？两年选一次，持续十个月]，搜狐，2021-02-19</ref>1名、高级职称117人、[[博士]]130人。

1978年，江苏省革委会决定成立江苏省环境科学研究所。