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鄂尔多斯站位于内蒙古西鄂尔多斯国家级自然保护区 <ref>[https://www.sohu.com/a/321514851_135647 474个国家级自然保护区，都保护了什么宝贝？]，搜狐，2019-06-19 </ref> 境内，为西鄂尔多斯荒漠化草原和东阿拉善草原化荒漠的过渡地区，是古地中海孑遗植物四合木、半日花、沙冬青、蒙古扁桃等濒危植物集中分布地区。本站属于国家林业局陆地生态系统定位研究网络中长期发展规划（2008—2020年）的拟建站点之一，代表区域为鄂尔多斯高原干草原及平原农田林网区。

鄂尔多斯站是我国森林生态系统定位观测研究站中，少数几个以灌木林生态系统服务功能为研究对象的森林生态站，同时，兼顾保护区内退耕还林等重点生态工程功能效益监测工作。站内设有四合木、半日花、沙冬青 <ref>[https://www.sohu.com/a/678074580_162758 内蒙古分布重点保护植物47种]，搜狐，2023-05-23</ref> 、蒙古扁桃、草原—荒漠过渡带、退耕还林和天然林保护工程等不同树种与类型观测样地。通过长期定位观测，揭示该区域生态系统发生、发展和演替规律，监测干旱和半干旱气候区生态环境变化，提供有效的减少和防范自然灾害发生预警及对策，使生态系统良性循环，实现社会可持续发展。