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保护区内有集中连片天然阔叶林一万多亩，并且是华东地区同纬度海拔最低的中亚热带常绿阔叶林带，且林相整齐，层次分明，自然生态系统完整，自然群落演替明显，显示出自然生态[[系统]]的本来面目。保护区内植被多以栲树、甜槠为建群种，其间伴生着壳斗科、樟科、山茶科、冬青科等不同层次常绿阔叶林，林下沟谷有多种蕨类和苔藓植物，约有蕨类植物14科51种，半子叶植物8科24种，双子叶植物74科251种，有连片的蕨类、在沟谷阴湿地段有多种叶附生苔。保护区内主要保护野生植物有香果树、[[鹅掌楸]] <ref>[https://www.sohu.com/a/541245836_166433 穿越时空，再续前缘——鹅掌楸丨花颜鸟语] ，搜狐，2022-04-26</ref> 、黄山木兰、青檀、甜槠、青冈、苦槠、石栎、樟树、天目木姜子、木荷。

查湾自然保护区优越的生态环境，丰富的植物资源，为野生动物栖息、繁衍创造了良好条件，对野生物种的基因库提供有效的保护作用。重要的野生动物有，梅花鹿、[[金钱豹]]、云豹、黑麂、黑熊、猕猴、短尾猴、[[穿山甲]] <ref>[https://www.sohu.com/a/371840282_120122822 穿山甲，今天，你被重新认识！]，搜狐，2022-07-31</ref> 、白颈长尾雉、白鹇、勺鸡、棘胸蛙、眼镜蛇、王锦蛇。