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1560年參與桶狹間之戰;1563年與[[信長]]養女結婚（實為信長之兄[[織田信廣]]之女）為妻;1564年，織田信長進攻尾張北部的小牧時，[[長秀]]兵不刃血奪取了黑田、小口兩座支城；1565年，在進攻美濃[[齋藤家猿]]食城時，採用切斷水源的方法，輕鬆地奪取了敵人的城池；同年，成功勸降了加治城城主[[佐藤氏]]，1568年攻打六角氏觀音寺城獲得戰功;此外，在內政方面，小負責建造安土城，獲得佐和山城、若狹等領地; 1571年姊川會戰後初封為近江佐和山城主，1575年賜姓惟住。1576年，丹羽長秀奉命修建安土城，獲贈名茶器“珠光小茄子”賞賜; 1581年獲第一名進場參與京都織田信長舉辦御馬揃閱兵儀式。

1582年，織田信長遭到[[明智光秀]]叛變，死於非命後，[[丹羽長秀]]得知本能寺之变時，他正在攝津末吉作平定四國的準備，聞報火速東進，與[[丰臣秀吉]]对抗[[明智光秀]]和[[柴田胜家]];在清洲會議後協助秀吉對抗、打敗[[織田信孝]]、柴田勝家和瀧川一役; 之後更繼續支持秀吉對戰[[織田信雄]]與[[德川家康]]，又繼而降服了[[佐佐成政]]，後受封若狹、越前及加賀一百二十三萬石領地。