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在2002-03 NBA赛季，邓肯再次获得NBA最有价值球员。同年邓肯在[[灌篮杂志]]颁发的NBA最佳的75名球员奖排名第55。在这年，邓肯带领圣安东尼奥马刺再次进入[[NBA总决赛]]，最终以4:2击败[[新泽西网]]再次获得NBA总冠军，邓肯再次获得NBA总决赛最有价值球员。其后，他和罗宾逊同时获得[[体育画报]]颁发的最佳篮球球员称号。他的得分、阻攻、助攻和篮板在[[NBA季后赛|季后赛]]的表现都比常规赛为佳。在2003年NBA总决赛的最后一场，邓肯几乎做出四双，获得21分、20个篮板、10个助攻和8个阻攻。

*2003-2004赛季

在2004年NBA季后赛，马刺队在第二轮遇到洛杉矶湖人队，在关键的第五场被费雪完场前0.4秒出手绝杀。最终以4-2被淘汰，无缘进入NBA总决赛。