1900年，义和团运动爆发。[[孙中山]]决定在珠江、长江流域乘势起义，派吴禄贞、[[傅慈祥]]秘密回国，与[[唐才常]]共同谋划。吴禄贞和秦力山指挥的自立军前军为庚子年长江流域大举中唯一发难者。自立军起义失败后，吴禄贞重返日本。

1901年冬，吴禄贞从士官学校毕业，回到武昌后，被张之洞扣押。在审讯时，张之洞反被吴禄贞说服，委他以重任，任武昌武普通学堂教习、会办，一时轰动武汉。吴禄贞利用职务之便并继续从事革命活动，广泛撒播革命火种，秘密翻印陈天华的《[[警世钟]]》、《猛回头》等革命书刊，散发到学堂、军队。创建了国内第一个秘密组织"花园山聚会"，倡导"秀才当兵"，使得一批具有新思想的知识分子从军，大大加强了军队本身的文化程度。

[[光绪]]、[[慈禧]]相继亡故后，摄政王载沣企图削弱[[袁世凯]]军权，故于1910年调吴禄贞入京，[[孙中山]]、[[黄兴]]对此相当重视，李书城也建议吴禄贞争取外放，以便更好进行革命工作。吴禄贞用同盟会提供的巨款活动奕劻成功，谋得驻扎保定的新军第六镇统制之职。新军第六镇是[[袁世凯]]的嫡系部队，原统制为段祺瑞，军中大小官员皆是袁世凯亲信，对于吴禄贞的上任充满了敌视。

1911年，武昌起义爆发，陆军大臣荫昌调第六镇[[李纯]]所部南下，吴禄贞请求随军南下却被清廷拒绝。这时，屯兵滦州的[[张绍曾]]举行兵谏，要求双方停战、清政府实行立宪。清政府派吴禄贞前往平息，吴禄贞到了滦州后却鼓动张绍曾起义，策应武昌起义，颠覆清王朝，张绍曾犹豫不决。