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秘鲁南美航空的前身“秘鲁国家航空”公司成立于1998年8月。1999年7月2日，秘鲁国家航空公司开辟了从[[利馬]][[豪尔赫·查韦斯国际机场]]飞往[[库斯科]]{{lang|en|Alejandro Velasco Astete International Airport| [[ 亚历杭德罗·韦拉斯科阿斯泰特国际机场]]({{lang|en|Alejandro Velasco Astete International Airport}} ) 及[[阿雷基帕]][[罗德里格斯巴隆国际机场]]({{lang|en|Rodríguez Ballón International Airport|罗德里格斯巴隆国际机场}} ) 的航线。很快，秘鲁国家航空就发展成为了秘鲁国内新的主要航空公司。1999年11月15日，该公司开通了飞往[[迈阿密国际机场]]的国际航线。2002年9月，秘鲁国家航空成为[[智利国家航空]]公司的子公司。2004年，智利国家航空公司更名“国家航空公司”，秘鲁国家航空公司更名为“国家航空秘鲁分公司”。