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明萬曆二十年五月，名僧[[真可]]來到石經山雷音洞，他看到佛像前的一塊拜石塌陷，就命弟子們把石板掀起，準備將其墊平，結果發現下面是一處洞穴，穴中有一石涵，上面刻有隋代大業年號。打開石函，裡面為一金函，金函內有一金瓶，盛有佛舍利三顆，真可隨即將這一重大發現上報了朝廷。

'''三百多年後1981年再被發現'''

那麼從這一刻開始，出現了第一個歷史謎團，文字中明明記載著函內安放了三顆舍利，為什麼發現的只有兩顆？另外一顆去了哪裡？<ref>{{Cite web|url= https://www.163.com/dy/article/H5Q86BNQ05525WZC.html|title= 1981年，北京石經山發現兩顆舍利，因此牽扯出一樁千古懸案|date=2022-04-25|website=網易|accessdate=2024-04-16}}</ref>

1981年11月27日上午，房山縣雲居寺文物保管所工作人員在清理著名的石經山雷音洞地面時，于原佛座後面地下五釐米處，發現有一方石，下有豎穴，其記憶體有以漢白玉、青石、白銀、白玉四種原料作的五重寶函，當人們開啟了第五重白玉寶函，見到了二粒乳白色、如小米粒般大小的佛舍利，旁邊還伴著三顆珍珠。

還有一個奇怪的現象，舍利原本是用一個小金瓶盛放，當慈皇太后送回時，舍利函已經重新進行了包裝，把原來的小金瓶換成了 羊脂玉函並進行了加封。

按照規定，對於皇家加封過的物品，其它人是不能驗看的。現在只能推斷，缺失的那顆舍利石被慈聖皇太后留在了宮中。那麼她留下的那顆舍利會放在哪裡呢？只有一種可能，她把舍利放在京城某處寺院供奉了。在這個時間上有一個巧合, 萬曆二十年慈聖皇太后下令在京城修建了保存至今的長椿寺, 個寺院供奉了象徵她自己的九蓮菩薩