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在日记中，还反映着隐居生活物质的匮乏与心灵痛苦的交织，由此生发的感慨令读者不胜唏嘘。如出行那年除夕的日记：“一盏黄昏，含愁卒岁……故国极目，楸陇无依……萧然僧舍，长明灯作守岁烛，亦可叹也。”<br>

当然，日记中不乏对已亡的妻子、儿女的思念，对随其出家几个儿子生活状况的描述，有苦难，也有苦中作乐，如访宏济和尚时，冬日天冷，缺少取暖的木柴，宏济叫叶燮兄弟去捡松球代木柴，叶绍袁笑说不知谁是主、谁是客。是冬，一日半夜，外甥严仲日托人捎信来，说刚打到一只野鸭，请叶绍袁他们一块去吃，虽未去，也是一桩乐事。有时，身体状况不错，与儿子一同散步，谈论文学、佛学等较轻松的话题，尤其是诗人徐匡秋的赞美长信及诗（见《影响与研究现状》）让叶绍袁倍感欣慰。 叶绍袁在流亡至平湖后长期居住在表弟冯茂远（兼山）之耘庐，《甲行日注》记至1648年九月二十五日，二日后叶绍袁在贫病、忧愤中死去，终年六十岁。