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肯亞地形豐富，大部為高原山地，西部是東非裂谷帶的東支；印度洋沿岸是寬約200公里的平原。肯亞地勢由海岸平原向中央高原爬升，高原區被東非大裂谷分為東西兩部分。大裂穀穀底在高原以下450－1000米，寬50－100公里，分布著深淺不等的湖泊，並屹立著許多火山。 肯亞山位於肯亞中部，主峰巴蒂安峰海拔5,199米，山頂有積雪，為肯亞最高峰及非洲第二高峰，肯亞的國名也因肯亞山而來。肯亞山中部有面積達715平方公里的地區被指定為國家公園，於1997年成為聯合國教科文組織世界遺產。由肯亞可見位於邊境、坦尚尼亞界內的非洲第一高峰吉力馬札羅山。 肯亞氣候多樣，全境位於熱帶季風區，沿海地區濕熱，高原氣候溫和。全年最高氣溫為攝氏26℃，最低為12℃。赤道以南主要屬熱帶森林和熱帶草原氣候；沿海地區為熱帶氣候，全年高溫多雨；越往內陸，其氣候就越乾旱，北部沙漠和半沙漠地帶面積約占全國的56％。受季風氣候的影響，肯亞沒有溫度凸顯的四季，只有雨季和旱季的區別 。塔納河是肯亞最長的河流，自西向東注入印度洋；阿西-加拉納河為第二長河里。埃瓦索恩吉羅河是肯亞北部地區的主要水源，最後流入東非大裂谷東部的納特龍湖。納特龍湖有高濃度的礦物質。維多利亞湖位於肯亞以西，僅次於蘇必略湖，是非洲面積最大的淡水湖和世界第二大淡水湖。圖爾卡納湖絕大部分位於肯亞北部境內，僅最北端位於衣索比亞境內，是肯亞最大的湖泊。該湖屬於鹹水湖，其湖水不能用於灌溉。圖爾卡納湖國家公園現已被聯合國教科文組織列為世界遺產。肯亞的主要礦產有石灰石、純鹼、鹽、寶石、螢石、鋅、硅藻土及石膏、石油及天然氣等。奎樂縣富含鈮礦和稀土礦，已進行商業開採。根據眾多國際勘探機構的估計，肯亞境內仍有大量未開採的自然資源，包括鈦金屬和煤礦等。肯亞曾為狩獵天堂，每年的六月中旬至九月份會有上百萬隻羚羊、角馬、長頸鹿、水牛、斑馬、大象、獅子、獵豹、河馬等動物從坦尚尼亞的塞倫蓋蒂草原橫渡馬拉河來到馬賽馬拉保護區，其數量之驚人，種類之豐富，規模之龐大震撼著世界。1977年肯亞政府宣布全面禁獵，並設立了40多座國家公園及動物保護區。成立於1946年的奈洛比國家公園，是肯亞第一個國家公園。由於食肉動物通常不進行遷徙，遊客可在肯亞四季觀賞到種類繁多，數目龐大的野生動物 。