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1970年8月，林清凉返臺任教，並主持[[東吳大學]]物理學系的成立。結婚後，她和丈夫曾短暫居於美國，並隨後返回[[臺灣大學]]任教。1981年8月，林清凉成為臺大物理系的系主任，並於1983年7月卸任，期間改革該系制度，並發生了中子源事件。退休後，林清凉成為臺大物理系兼任教授，並投入物理教科書的寫作。2005年，中華民國物理學會拍攝了《物理好丰采》紀錄片，介紹並訪問了八位女性物理學者，而林清凉是該片中首位登場的。該片在2005年6月27日於臺大凝態中心進行首映。