1956年，石家庄市曾流行乙型脑炎，用清热解毒、养阴法治疗，治愈率达90%以上，而次年北京流行此病时，用上述方法效果不显。蒲辅周从临床实践中发现，北京多年阴雨连绵，湿热交蒸，因此属暑湿偏盛，遂用杏仁滑石汤、三仁汤等化裁，通阳利湿，收到了良好效果。蒲辅周在总结经验时说：“在这一次实践中体会到：由于气候的影响，今年的患者在诱因上多有暑湿并重的现象，个别的还有一些变症，我们在治疗脑炎过程中，随时都要注意到这一些”。

在对内伤杂病治疗中，他亦注意气候的影响，适当加入相应时令药，如其治周期性发热，就按季节灵活处方用药，暑天选用四妙丸加茵陈、青蒿、木瓜、荷叶等清热利湿，入秋后用五积散合四妙丸加味，祛寒除湿，以提高疗效。为配合季节，还注意用药的剂型。1963年治金某心气虚痛（冠心病）一例，即冬用膏、夏用散，以与季节相适应，既考虑到疗效，亦方便了病人。