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六月，仲麻吕随藤原清河大使一行辞别长安，往扬州延光寺邀请鉴真和尚东渡。十月十五日，他们分乘四船从苏州起航回国。是夕浩月当空，皎洁的月光撒满大江，秋水共长天一色。仲麻吕仰视海天，惜别中国，向往故乡，遂咏成和歌一首，并译为汉语示与众人，众皆叹赏： 翘首望长天，神驰奈良边; 三笠山顶上，想又皎月圆。但是，命运却偏偏和归心似箭的仲麻吕为难。他们在归国途中遇到了风暴，藤原清河大使和仲麻吕所乘的第一船触礁，不能继续航行,与其他三船失掉联系，被风暴吹到越南的驩州海岸。登陆后，不料又遭横祸，全船一百七十余人，绝大多数惨遭当地土人杀害，幸存者只有仲麻吕和藤原清河等十余人。公元755年(天宝14年)6月，他们历尽艰险，再次入长安。好友们见到仲麻吕脱险归来，不胜为之惊喜。

　　然而，曾几何时，又遇兵燹。十一月，安禄山叛乱。唐玄宗蒙尘四川，仲麻吕随往避难。直至肃宗至德2年(757年)12月，玄宗自蜀还幸长安，仲麻吕亦随之返还。是年仲麻吕已六十一岁。以后再度仕官，历任左散骑常侍兼安南都护、安南节度使。大历五年(770年)终于长安，时年七十二岁。代宗为了表彰仲麻吕的功绩，追赠从二品潞州大都督。