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2004年以前，周玉蔻在政治立場上，長期支持國民黨，也幫當時兼任中國國民黨黨主席的總統[[李登輝]]出書。[[2004年中華民國總統選舉]]期間，不滿當時代表泛藍參選總統的國民黨主席[[連戰]]的財產申報問題，與國民黨槓上，甚至與[[飛碟電台]](與董事長[[趙少康]]與時任飛碟晚餐主持人[[陳文茜]]不合)的政治立場相左，最後請辭[[飛碟電台]]台內的所有工作，並退出[[中國國民黨]]，並轉戰[[東森聯播網]]，政治立場也轉向泛綠，而後受到前總統[[ 李登輝]] 邀請，加入[[台灣團結聯盟]]。不過加入泛綠聯盟的時間也很短暫，因不滿時任總統[[陳水扁]]及其第一家庭的貪腐，多次在電視節目中與民進黨槓上，在[[2006年中華民國直轄市長選舉]]當中，代表[[台灣團結聯盟]]參選[[臺北市長]]，並對同樣是泛綠的同志，代表[[民主進步黨]]參選[[臺北市長]]的[[謝長廷]]多次公開批評，甚至鬧場，[[台灣團結聯盟]]為了泛綠的團結，開除了周玉蔻[[台灣團結聯盟]]的黨籍。

2008年，周玉蔻對時任總統[[ 陳水扁]] 與代表[[民主進步黨]]參選[[總統]]的[[ 謝長廷]] 多次批評，並公開挺馬，政治立場也轉向支持國民黨。[[2012年中華民國總統選舉]]後，重新向[[中國國民黨]]申請恢復黨籍。2014年，因不滿兼任中國國民黨黨主席的總統[[馬英九]]提名[[連勝文]]參選[[臺北市長]]，多次與國民黨槓上，2014年底，[[中國國民黨]]開除了周玉蔻黨籍。