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陳垣十二歲時在学馆閱讀[[张之洞]]《[[书目答问]]》，並攻讀《[[四库全书总目提要]]》，應[[科舉]]不第，1905年在[[廣州]]創辦《[[時事畫報]]》，议论时政，鼓吹革命思想。1907年考取[[博濟醫學堂]]。[[辛亥革命]]成功之後於1913年當選[[中华民国初年国会|国会]]眾議員，1919年在北京[[中华基督教会缸瓦市教堂|缸瓦市教堂]]受洗加入[[基督新教]]，1921年出任[[中華民國教育部]]次長。後覺政治腐敗，留居[[北京]]，從事歷史研究與教育工作。

陳垣以《元也里可温考》一文成名，在宗教史、[[校勘學]]、[[考古學]]方面均有相當成就。