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回国后，李克正先在天津南开数学研究所工作，1988 年与 [[ 程民德 ]] 、 [[ 吴文俊 ]] 、 [[ 胡国定 ]] 、 [[ 谷超豪 ]] 、 [[ 冯康 ]] 、 [[ 王元 ]] 、 [[ 杨乐 ]] 、 [[ 齐民友 ]] 、 [[ 堵丁柱 ]] 十名学者共同发起"21 世纪中国数学展望"会议，提出"在 21 世纪数学率先赶上世界先进水平"的目标，国家教委主任李铁映和陈省身先生在会上做了重要报告。此后在中央和各、有关部委的支持下，建立了数学天元基金，这一会议和天元基金的建立对此后我国数学的发展产生了深远的影响。李克正曾任数学天元基金学术领导小组成员八年。1989年1月，李克正回到中国科学院，在北京中国科学技术大学研究生院 (现中国科学院研究生院) 工作至2005年，此后到首都师范大学工作。