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贞观二十三年(649年)，唐太宗病逝于行宫翠微宫，遗命长孙无忌与褚遂良辅政。 太子 [[ 李治 ]] 悲痛欲绝，抱着长孙无忌的脖子痛哭。长孙无忌请李治处理政事以安内外，李治仍哀哭不止。无忌道：“陛下将宗庙社稷交付殿下，您怎能只知哭泣?“他秘不发丧，并让李治迅速赶回长安。 六月，太子李治继位，是为唐高宗。长孙无忌进拜太尉、同中书门下三品，仍兼任扬州都督，主持朝政。当时，长孙无忌以元舅的身份辅政，每有进言，唐高宗都优先采纳。 曾有 [[ 洛阳 ]] 百姓李弘泰诬告长孙无忌谋反，高宗立即下令将其处斩。

永徽四年(653年)，唐高宗命长孙无忌审理房遗爱谋反案。吴王 [[ 李恪 ]] 名望素高，且与长孙无忌有旧怨。长孙无忌欲借机诛杀李恪，以绝众望，便诬称李恪也参与谋反。二月，房遗爱等人被处斩。李恪也被赐死，死前大骂：“长孙无忌窃弄威权，陷害良善，祖宗有灵，必让其宗族覆灭。“江夏王李道宗、驸马都尉执失思力因与长孙无忌不和，也被流放岭南。