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祖父潘世恩，官至武英殿大學士。父潘曾瑩官至交部左侍郎。潘祖同初以祖蔭得主簿，旋賜舉人。考授國子監學政。祖父逝世，賜進土出身。 ===被免除官職，以收藏圖書吟詠詩歌為樂===咸豐六年（公元1856年）考取進士，授翰林院庶吉士，歷任國史館協修、戶部左侍郎。咸豐八年（公元1858年），潘祖同因考場舞弊案受到牽連，被免除官職，發配到新疆 。無罪獲釋後，絕意於仕進之途，以文史自娛。後奉父母喪回籍，杜門讀《禮》，以收藏圖書吟詠詩歌為樂，極少與人交往。沈玉麟稱其青少年時代“文采風流，一時照耀，洎乎放歸田裡，？影家居，嘯歌自如，仍不失書生本色”，“每有所作，既敏捷又工穩。一字推敲，必臻盡善”(《竹山草堂詩稿·序》)。生平事蹟見《清史列傳》卷四O及其詩集序跋 。

著有 《竹山 草 堂 聯話 詩稿 》 二卷 、《竹山 草 堂 隨筆 詞稿 》 一卷 、《竹山堂 詩補 文剩 》 及 一卷、 《竹山堂詩 文集 補 》 等 一卷 。<ref>[http://www.pans.cn/Info/2004-10/3/09554687142.html 潘氏宗親網15週年版>潘祖同]</ref>