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若以[[ 地質]] 論，芝山岩為[[台北盆地]]的孤立岩體，數百萬年前，與台北同是海底[[ 礁石]] 。後來，台北盆地逐漸成為一大淡水鹹水交接湖泊後，芝山岩首先浮出，成為[[陽明山]]下的小[[ 島嶼]] 。該史前島嶼由海內厚[[ 砂岩]] 組成，富含古生物（例如[[ 貝]] 類）[[ 化石]] ，加上[[ 風化]] 、[[ 侵蝕]] 作用，使得芝山岩擁有許多特殊的地質景觀，包括大岩石、豐富地貌、風化礫等。因此在台北大湖泊消退的過程裡面，造就了現有[[ 石象]] 、[[ 石硯]] 、[[ 石墨]] 、[[ 洋蔥石]] 等奇觀。