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四月二十日，朝廷决定正式倒幕。五月， [[ 顺德天皇 ]] 让位于四岁的怀成亲王，是为仲恭天皇。

仲恭天皇是顺德天皇的长子，“ [[ 承久之乱 ]] ”时，他才3岁。他登基后，京都随即被幕府军占领，无辜的幼儿天皇也被殃及，从天皇的宝座上被赶了下来。他只在位77天，而且从未举行过即位仪式，所以历来不被列入正统，而被称为“废帝”。直到1870年，才得以挤进125名天皇系列。

面对院厅的挑战， [[ 源赖朝 ]] 的遗孀“尼姑将军” [[ 北条政子 ]] 亲自召集御家人商议对策，她声泪俱下地劝说御家人们同心同德抗击院厅的武装行动。以关东武士为代表的武士阶级，在幕府面临危机的形势下，表现出精诚团结的精神。当 [[ 北条义时 ]] 的弟弟、儿子 [[ 北条泰时 ]] 与 [[ 北条时房 ]] 率军西行的时候，全国的武士都争先恐后地参加其中，很快集合了19万大军。

相反的是，1221年5月，后鸟羽上皇在调遣手下武士消灭了幕府派驻京都的守护之后，向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令。然而，敕令发出后响应者极少，并没有出现上皇所期待的讨幕局面。6月15日，幕府军队进入京都，后鸟羽上皇手下的1700名皇室军队很快落败，后鸟羽上皇撤销讨伐命令，俯首投降。   这次动乱，史称“承久之乱”，以皇室失败而告终。