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针对刘裕北伐动机的争议，《宋书》对刘裕北伐的动机的记载是“顿驾关中，经略赵、魏” [101] 。将刘裕北伐视为“诛内清外，功格区宇”的收复中原的大业来称赞 [102] 。后世也有一些史家附会《魏书·岛夷传》的看法，认为刘裕北伐只为篡位获取政治资本。但是《晋书·郭澄之传》明确记载：“既克长安，（刘）裕意更欲西伐，集僚属议之，多不同。” [103] 表明刘裕当时攻下长安后是想要继续西征的。同时根据裴子野《宋略》记载：刘裕代晋称帝后曾计划在永初三年（422年）出征北魏，但是还未来得及出兵，刘裕就在五月病逝，北伐因而取消 [4] 。

因此，刘裕如果仅仅为了篡位，何必在登基之后还要北伐？近代史学家吕思勉认为关于刘裕北伐只为篡位的说法只是一些史家附会王买德的话，不合逻辑，缺乏凭证。他认为刘裕北伐后秦前的功绩和威望足以代晋称帝，如果他真的急于篡位，在平定司马休之后完全可以称帝，没必要再北伐。吕思勉以“攘外者必先安内”，认为刘裕攻下长安后南归，是基于当时迫不得已的情形，刘穆之的突然离世，等于刘裕的后路无托。 [104] 后来史实也表明，刘裕南返后并没有急于篡位，而是直到两年之后才称帝。《魏书》以北朝鲜卑族为正统，称刘裕等汉族帝王为岛夷 [105] ，极尽诋毁，其对南朝史实记载的真实性值得怀疑。根据唐人李延寿《南史》记载，刘裕攻下长安后是想要留在长安经略西北，继续发兵北征，无奈朝中最重要的心腹刘穆之突然病逝，刘裕后方空虚且子嗣尚幼，为防有变，只得率领主力南返 [106] 。司马光《资治通鉴》在《南史》的基础上，认为刘裕开始确实是想留在长安，经略西北，但他身边的文武将佐大多都有思归之心，加上刘穆之突然逝世，使刘裕感到后方空虚，于是东还彭城 [107] 。

钱穆在《国史大纲》就曾分析过刘裕北伐不能统一中国的原因：“裕之北伐，在廷之臣，无有为裕腹心者。裕所以不能从容据长安以经营北方者亦在是。要之江南半壁，依然在离心的倾向上进行。诸名族虽饱尝中原流离之苦，还未到反悔觉悟的地步。”刘裕即使有收复北方的意图和决心，但当时东晋国内在此问题却是离心的，江南士族早已习惯偏安，不愿北归，也瞧不起刘裕寒族的出身，因此处在后方的他们难以与他同心。即使跟随刘裕北伐的文武群臣中，也没有多少人有彻底收复北方的心思。除去攻下长安后，幕僚对于继续西征态度的不一外 [103] ，刘裕迁都洛阳的提议，同样遭到幕僚的反对 [108] 。