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他主要从事太平天国史与晚清兵制史的研究，形成了擅长考据的独特学术风格;主持筹建了南京太平天国历史博物馆; 开创了"综合体"的通史新体例; 并将唯物辩证法成功应用于考据学从而改革了历史研究方法。一生出版学术专著约50部，发表论文400余篇，共900余万字，搜集、整理、编纂出版太平天国文献和资料3000万字。其主要论著有:《太平天国史纲》、《太平天国史》、《太平天国史论文集》(十集)、《李秀成自述原稿注》、《湘军兵志》、《绿兵志》等。