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高屏溪舊稱下淡水溪，得名自原住民社名，鳳山八大番社之一的Tapoyan社，漢人稱之[[下淡水社]]<ref>[http://www.twcenter.org.tw/g02/g02_05_02_01.htm http://www.twcenter.org.tw/g02/g02_05_02_01.htm] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20071024044047/http://www.twcenter.org.tw/g02/g02_05_02_01.htm |date=2007-10-24 }}</ref>，另外亦有[[上淡水社]]，故下淡水溪與北臺灣之[[淡水河]]並無相對關係。而高屏溪直至1960年臺灣省政府整理全臺河川名稱才出現，係因流經高雄與[[屏東縣|屏東]]（1950年脫離高雄縣新設）兩縣而易名<ref>臺灣省政府公告(49)10.8府建水字第七四九五六號{{cite web |url=http://subtpg.tpg.gov.tw/og/image2.asp?f=04904BIB00060L0CB |title=存档副本 |accessdate=2011-08-19 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20150612014248/http://subtpg.tpg.gov.tw/og/image2.asp?f=04904BIB00060L0CB |archivedate=2015-06-12 }}</ref>。

以下由下游至源頭列出水系主要河川，其中粗體字為主流河道。

*'''高屏溪'''：[[高雄市]]、[[屏東縣]]、[[嘉義縣]]、[[南投縣]]、[[臺東縣|台東縣]]