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辛亥革命爆发后，出任广东省都督府军事部长，权摄广东都督。1912年1月1日，南京临时政府成立，浙江都督汤寿潜改任交通总长，被公推为浙江都督，兼民政长。2月，与章太炎、张謇等组织统一党。其间，对安定浙江、刷新内政多有建树。5月，袁世凯任临时大总统，搜罗亲信，遭排挤，于7月辞去都督，出国考察。1914年1月，任总统府高等顾问，约法会议议员。6月，任参政院参政、将军府宣威将军兼检阅使总监。1915年，任两湖检阅使兼保定军校主考。袁世凯复辟帝制，蒋尊簋配合蔡锷“护国运动”民国往事：“护国运动”<ref>[http://www.sohu.com/a/321808942_644485 民国往事：“护国运动”]，魏晨品读民国，2019-06-20</ref>，南下响应讨袁。1917年，北洋军阀<ref>段祺瑞</ref>[http://news.sohu.com/s2011/9470/s320436398/ 北洋军阀， 段祺瑞]，搜狐网 废除“临时约法”，解散国会。孙中山在广州成立护法军政府，电各省讨逆救国。旋返浙参与护法之役。11月，浙江宣布自主，任浙军总司令，进驻百官。后以孙传芳部孟昭月所迫，未能实现。北京政府下令褫夺勋位、勋章及原有军职。辗转东南，孙中山先委为浙闽宣抚使，后被任为参谋次长、军政部次长，代理参谋长兼滇、黔、赣联军第一路司令。1923年11月，任孙中山大本营参谋处主任。次年2月，被任命为大本营军需总监。1926年12月，任浙江省政府委员，兼军政长，积极进行地方自治。1927年4月，任上海政治分会主席。1928年，任北伐军总司令部高等顾问、全国道路协会副会长，赈务委员会委员。1929年底参加反对蒋介石活动被捕。释放后持斋奉佛。1931年5月，宁粤分裂，任广州国民政府委员。1931年8月病逝。