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接着刘裕就亲自率军自建康出发讨伐刘毅。他命[[王弘]]、[[王镇恶]]、[[蒯恩]]等率兵进至豫章口，包抄[[江陵]]，切断[[刘毅]]援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。刘毅部下参军[[朱显之]]与刘裕前锋大将王镇恶相遇，率领所属一千人奔赴江陵保护刘毅。王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，以示众人。刘毅恼怒，径直烧毁书信，一面督促自己亲信的援军到来，一面督促士卒死战。众军知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，在离江陵二十里处的[[牛牧寺]]自缢身亡 。<ref>[http://www.guoxuedashi.com/a/297r/6275x.html 《晋书》 列传第五十五：刘裕自率众讨毅，命王弘、王镇恶、蒯恩等率军至豫章口，于江津燔舟而进。毅参军硃显之逢镇恶，以所统千人赴毅。镇恶等攻陷外城，毅守内城，精锐尚数千人，战至日昃，镇恶以裕书示城内，毅怒，不发书而焚之。毅冀有外救，督士卒力战。众知裕至，莫有斗心。既暮，镇恶焚诸门，齐力攻之，毅众乃散，毅自北门单骑而走，去江陵二十里而缢。]，国学大师</ref>。

五月癸亥日（6月26日），刘裕在西殿崩逝，享年六十岁。七月，葬于丹阳建康县蒋山的初宁陵，庙号高祖，谥号武皇帝 。<ref>[http://www.guoxuedashi.com/a/203b/3625t.html 《宋书》 卷三本纪第三　武帝下：癸亥，上崩于西殿，时年六十。秋七月己酉，葬丹阳建康县蒋山初宁陵。]，国学大师</ref>。

刘裕称帝后，致力于削弱强藩，他限制了荆州州府置将和官吏数额，前者不可多于二千人，后者亦不可多于一万人；另其他州府置将及官吏数亦不分别不得多于五百人及五千人。为防止权臣拥兵，他特别下诏命不得再别置军府，宰相领扬州刺史的话可置一千兵。而凡大臣外任要职要需军队防卫，或要出兵讨伐，一律配以朝廷军队，事情完结后军队都需交回朝廷。另刘裕为防外戚乱政，下令有幼主的话都委事宰相，不需太后临朝 。<ref>[http://www.guoxue.com/shibu/24shi/songsu/sons_003.htm  南朝梁·沈约《宋书· 本纪第三·武帝下》：又为手诏曰：“朝廷不须复有别府，宰相带扬州，可置甲士千人。若大臣中任要，宜有爪牙以备不祥人者，可以台见队给之。有征讨悉配以台见军队，行还复旧。后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。仗既不许入台殿门，要重人可详给班剑。”]，国学网</ref>。

[[姚兴]]：刘裕拔起细微，能讨诛桓玄，兴复晋室，内厘庶政，外修封疆，吾何惜数郡，不以成其美乎 ！<ref>[http://www.guoxue.com/shibu/zztj/content/zztj_114.htm  《资治通鉴·卷第一百一十四·晋纪三十六》：刘裕遣使求和于泰，且求南乡等诸郡，秦王兴许之。群臣咸以为不可，兴曰：“天下之善一也。刘裕拔起细微，能讨诛桓玄，兴复晋室，内釐庶政，外修封疆，吾何惜数郡，不以成其美乎！”遂割南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡归于晋。]，国学网</ref>！

[[沈约]]：至于宋祖受命，义越前模……高祖地非桓、文，众无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，祀晋配天，不失旧物，诛内清外，功格区宇。至于钟石变声，柴天改物，民已去晋，异于延康之初，功实静乱，又殊咸熙之末。所以恭皇高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉 ！ <ref>[http://www.guoxue.com/shibu/24shi/songsu/sons_003.htm  南朝梁·沈约《宋书·本纪三·武帝下》：至于宋祖受命，义越前模。晋自社庙南迁，禄去王室，朝权国命，递归台辅。君道虽存，主威久谢。桓温雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。自斯以后，晋道弥昏，道子开其祸端，元显成其末衅，桓玄藉运乘时，加以先父之业，因基革命，人无异心。高祖地非桓、文，众无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，祀晋配天，不失旧物，诛内清外，功格区宇。至于钟石变声，柴天改物，民已去晋，异于延康之初，功实静乱，又殊咸熙之末。所以恭皇高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉！]，国学网</ref>！