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唐代，据金皇统七年（1147年） [[ 曹衍撰 ]] 《大金西京武州山重修大石窟寺碑记》载：" “ 贞观十五年（641年），守臣重建" ” ；唐慧祥撰《古清凉传》卷上（古今胜迹三）记载，当时有一位 [[ 俨禅师]]"每在恒安修理孝文石窟故像……以咸亨四年（673年）终于石室"。初唐以后，平城呈现萧条景象，云冈石窟的建设因受多方面因素的影响未有大项工程<ref>[http://tour.yungang.org/welcome.aspx?p=3&v=1 走进云冈]，云冈石窟旅游网</ref>。

辽金，辽兴宗、道宗时期，辽皇室曾对武州山石窟寺进行过延续十年之久的大规模修整。修建了石窟前接木构窟檐的通乐、灵岩、鲸崇、镇国、护国、天宫、崇福、童子、华严、兜率十座大寺，并对一千余尊佛像进行了整修。辽保大二年（1122年）金兵攻占大同，" “ 寺遭焚劫，灵岩栋宇，扫地无遗" ” （《大金西京重修华严寺碑》）。金皇统三年至六年（1143-1146年），住持法师 [[ 禀慧 ]] 重修“灵岩大阁”（今第三窟外的阁楼），“自是，山门气象，翕然复完矣。”（《金碑》）。

明代，大同云冈再度荒废。云冈之称始于明 [[ 嘉靖 ]] 年间，明末 [[ 崇祯 ]] 十七年（1644年）[[李自成]]起义军路经大同，留部将 [[ 张天琳 ]] 驻守后清军入关攻占大同，云冈寺院再遭兵燹，沦为灰烬。

清代，清 [[ 顺治 ]] 八年（1651年）云冈寺院得以重修。现存第5、6窟的木构窟檐和寺院即为此时重建。1696年， [[ 康熙皇帝 ]] 于冬日回銮巡幸云冈寺并御书匾额“庄严法相”。清乾隆年间云冈石窟亦曾有修葺。

近代，1949年 [[ 中华人民共和国成立 ]] ，云冈石窟的主要洞窟和窟前木结构建筑（第5、6、7窟）均保存完好。1952年设置专门保护机构，石窟文物得以妥善保护，并对公众开放。