1894年台灣巡撫[[唐景崧]]聘許南英入台灣通志局，協助編修《台灣通志》，後逢中日甲午開戰，許南英任團練局統領，擔起抗日重任；後來日人來台，日軍到處張貼通緝許南英的圖像，許南英在台南鄉親冒險掩護下，從安平港乘竹筏換輪船，離開台灣，逃至中國，途中兒子許地山在船上不慎跌倒、摔斷左臂<ref name="黃"/>，他先至廈門、汕頭，後暫住桃都，此時他留下不少思鄉之作，後在親戚勸說下，他輾轉至新加坡、泰國曼谷等地，1897年因收到家書，返回中國，至北京投供吏部，後降轉廣東即用知縣，1899年協助辦理惠、潮、嘉一帶鄉試，1900年負責總校廣州試卷，並任佛山汾水稅關總辦，1903年委屬雷州徐聞縣，並將當地的貴生書院改為徐聞小學堂，任教講經史<ref> {{Cite book | author = 龔顯宗 | title = 台灣文學家列傳 | publisher = 台南市立文化中心 | date = 1997 | pages =80-83}} </ref>。1904年被納入廣東內簾，隔年起因他善於治盜，陸續為廣東陽江州陽春、三水縣令，1911年（宣統三年）原赴电白县就任，但逢革命軍起義，而回漳州，後退居海澄縣<ref> {{Cite book | author = 汪毅夫 | title = 闽台缘与闽南凤: 闽台关系, 闽台社会与闽南文化研究 | publisher =福建教育出版社| date = 2006| pages =180}} </ref>。

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