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隆庆时，庞尚鹏调回[[北京]]，任大理寺右丞。后来又被任命为右佥都御史，主持办理九边屯盐事务。他在整顿盐法时，提出疏通盐引、禁制私贩、合理拟定行盐地方等建议，并依照各地具体情况，规定整顿屯政计划，分别提出：立号纸以清隐蔽、严督责以塞弊源、宽粮额以劝开垦、别功罪以专责成、广召种以辟荒芜、免包赔以便征解、辨等则以清粮客、开沟池以备旱潦等措施，经奏请获准后实施，并取得了相当好的成效。

隆庆四年(1570年)，权贵及宦官又借口庞尚鹏在浙江时验收进呈的宫币不合格，贬他为平民。万历四年(1576年)庞尚鹏复职，被派任为福建巡抚。在任时继续推行“一条鞭法”。后因援救那些反对张居正父丧不守制而受到严厉处分的廷臣，得罪了张居正而再次被免职。