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重录《永乐大典》的缮写者被规定每人每日抄写三叶(页)，这样重录工作整整花了6年时间，到明穆宗隆庆元年(1567年)四月才最后完成。从此《大典》有了两个抄本：永乐抄本(正本)和嘉靖抄本(副本)，分别珍藏在文渊阁和皇史宬两处。

《永乐大典》由于卷帙浩繁，参加纂修人员众多，因此前后体例不一，前后错互舛误之处，亦在所难免，但这并不影响它的巨大价值。《永乐大典》的最大贡献在于保存了我国明初以前各种学科的大量文献资料。在这方面，清代一些学者对《永乐大典》所作辑佚工作是有一定成绩的。乾隆年间开《四库全书》馆时，安徽学政朱筠奏请"校《永乐大典》，择其中人不常见之书辑之"，得到清高宗的批准，于乾隆三十八年(1773)设立了《四库全书》馆"校勘《永乐大典》散篇办事处"，先后参加者共三十九人，其中有著名学者戴震、邵晋涵、周永年等。到乾隆四十六年(1781)，共辑出书籍：经部六十六种，史部四十一种，子部一百零三种，集部一百七十五种，总计三百八十五种，四千九百四十六卷。其中重要的文献如西晋杜预的《春秋释例》、唐林宝的《元和姓纂》、北宋薛居正的《旧五代史》、南宋李心传的《建炎以来系年要录》；宋代医学名著《苏沈良方》、《博济方》、《伤寒微旨》等都是亡佚已久的秘籍，全赖《永乐大典》才得保存下来。