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[[ 全祖望 ]] 和 [[ 李绂 ]] 都是清代的大学者。雍正年间开三礼馆，全、李二人供职翰林院，得以接触《永乐大典》。他们在《永乐大典》中看到许多世上未见之书，惊呼为"宇宙之鸿宝"。两人一商量，觉得应该先把想见而不可得的书籍辑录出来。全祖望写了《抄永乐大典记》，认为最需要辑录的有五类书，就是经、史、志乘、氏族、艺文。从此，两人每天看20卷，把想辑录的书名签出，再由另外四人抄写。就这样每天爬梳，整理出 [[ 王安石 ]] 《周官新义》、 [[ 高氏 ]] 《春秋义宗》等十多种书籍。可是卷帙浩繁的《永乐大典》两个人怎么能看过一遍呢？长期的辑佚工作让两人感到身心疲惫。第二年全祖望罢官回乡，辑佚工作只好作罢。但全、李二人的辑佚成果却引起了学者们的普遍关注，为以后《四库全书》馆臣系统辑佚《永乐大典》奠定了基础。

清代乾隆皇帝很想比肩中原皇帝，想做一番大事。 [[ 康熙 ]] 、 [[ 雍正 ]] 朝曾纂修过一部大型类书《古今图书集成》， [[ 乾隆 ]] 皇帝对这种类书的体例很不以为然，他说，类书虽然能够兼收并录，极方策大观，但" “ 因类取裁" ” 的方法使得人们无法看到书籍的全貌，溯其源流，征其来处。他要做前人未做之事，修纂一部大型丛书──《四库全书》，以补类书的缺失。还把藏《四库全书》的阁名用渊、源、津、溯来命名，凸显他的这部书才真正能够" “ 溯其源流" ” 。这时，安徽学政 [[ 朱筠 ]] 和四库总裁 [[ 于敏中 ]] 都建议乾隆皇帝辑佚《永乐大典》中的大量散佚古籍，得到了乾隆皇帝的重视。在开四库全书馆之初，他连颁两道圣旨，下令辑佚、汇订《永乐大典》中的古书善本。

乾隆三十八年，四库全书馆校勘《永乐大典》，参加辑佚的有当时著名学者 [[ 戴震 ]] 、 [[ 邵晋涵 ]] 、 [[ 周永年 ]] 等共39人。其中，周永年在宋、元人诗文集上用力最勤。邵晋涵辑《旧五代史》、《九国志》，戴震辑《算经》，也各有所成。到乾隆四十六年(1781年)，辑出经、史、子、集四部书共385种、4946卷。著名的有后来被列入二十四史的《旧五代史》、记载南宋初年史实的重要著作《建炎以来系年要录》、查考唐人世系的《元和姓纂》、目录学名著《直斋书录解题》和西晋杜预的《春秋释例》等。至于宋元人的诗文集更达到了175种，许多失传的重要典籍都通过这次辑佚恢复了原貌。

但乾隆皇帝与永乐皇帝不同，没有兼收并蓄的胸怀，加之满清定鼎中原刚刚百年，对宋、明人指斥谩骂北方少数民族的言辞十分忌讳。所以在辑佚中坚持儒家正统观念，认为" “ 菁华已尽，糟粕可弃" ” ，凡佛道、戏曲、小说等概不辑录，对于牵涉违碍的言辞也毫不留情面，一概删去。有些科技方面的著作，如 [[ 邓御夫 ]] 的《农历》200卷详细程度超过《齐民要术》，还有些军事方面的发明为怕洋人学去，也都丢掉，不加采录。甚至已经辑佚出的散片如《兼金合璧》、《晋史挥尘》等，或签出的典籍《元一统志》等重要的方志类书籍，都弃置不顾，所以，这次系统辑佚古书工作留下了永远不可弥补的遗憾。

四库馆对《永乐大典》进行系统辑佚后，嘉庆间纂修《全唐文》和《大清一统志》时都曾用过《大典》中的史料。不过贡献最大的是徐松的辑佚工作，他辑佚的《宋会要》500卷、《宋中兴礼书》、《续中兴礼书》、《元河南志》等都是超过100卷的大书。以后文廷式辑录过《元高丽记事》、《宋状元及第图》等，缪荃孙辑录过《明泸州志》、《明永乐顺天府志》， [[ 董康辑 ]] 录过《宪台通记》，不过规模都要小多了。