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1956年春末夏初，中国科学院建议除北京已有动物园以外，上海等10个大城市也应建动物园。这一建议得到国家和省、市的一些领导人的支持，于是上海动物园规划面积又改为990亩（66公顷），原文化休息公园不再保留，把全园作为一个完整的动物园重新布局，笼舍按照动物进化的规律，由低等到高等依次分区设置，并使之与参观路线相一致。
1956—1957年间，拆除了大部分简易笼舍，新建大游禽池、涉禽池、鸣禽笼、猛禽笼、犬科笼、小杂食兽笼、狮虎房、熊山、猴山。
1999年4月蝴蝶园建成，开始正式饲养展出活体昆虫。
6月，遭遇百年不遇的暴雨，动物园95%的面积被水淹，闭园三天，引起国内外媒体的关注，全园职工防汛排涝、抢救动物，未造成大的损失。10月，巴西CBMM公司送给徐匡迪市长的一对巴西狼在上海动物园落户。这是中国首次饲养展出巴西狼 。 。
12月，上海动物园被国家科学教育委员会批准命名为“全国科学教育普及基地”，为国内第一座国家级科普教育基地的动物园。
===天鹅湖===
建于1954年的上海动物园天鹅湖面积近3.3公顷（近50亩），是由几个天然水塘开挖连成的，因首先饲养天鹅而得名，一座三孔桥南北横跨。湖东一座琉璃绿瓦的四角亭，与西面鸳鸯榭遥遥相对，临水倚栏，观赏水禽、飞鸟，尤其每天鹈鹕在上空盘旋，令人迷离神往 <ref>[http://dy.163.com/v2/article/detail/EB28UPBA0514EGPO.html 时隔八年 上海动物园启动天鹅湖清淤工程]，网易 2019-03-24</ref> 。
湖中五个小岛均栽植黑松、柳树、桑树、水杉、池杉等供游禽栖息、产卵，湖的四周密布荻草、花芦、倭竹、紫穗槐、麻叶绣球、紫微等植物繁密昌盛。站在三孔桥上眺望远处，水杉、香樟、雪松、柳树形成了优美树线，幽邃深远、野味无穷。冬夏春秋景色多变，耐人寻味。天鹅湖开阔、水清、千鸟栖息，静中有动，动中有静，声、色、影、光溶为一体，不仅使人流连忘返，而且把野鸟留住。如作为迁徙鸟类的夜鹭在经过上海动物园天鹅湖时，感觉这里环境特佳就决定留下来，如今已在此定居多年并繁殖后代。天鹅湖东南面为一鸳鸯生态展区，数十对鸳鸯在此形影不离，双宿双飞。
===蝴蝶馆===
1999年4月建成，为大陆动物园中首座开放式活体蝴蝶馆。总建筑面积约600平方米，以通道与两栖爬行动物馆生态厅连接。本馆包括放飞厅和饲养室，其中放飞厅近300平方米，屋面与南北墙上半部采用真空玻璃结构，厅内为立体绿化，种植热带植物，并与假山、瀑布、溪流、小桥巧妙组合，地面主要种植蜜源植物，满足放飞蝴蝶的取食需要。除了放飞蝴蝶，该馆还展出智利毒蛛、巨型蟑螂、竹节虫、巨型锹甲等活体昆虫 <ref>[https://www.jfdaily.com/news/detail?id=107814 八万只蝴蝶如何“坐飞机”来到上海动物园？第六届蝴蝶展等你来（附视频）]，上观网 2018-09-27 16:57</ref> 。
==交通线路==