抗原呈递是吞噬细胞将吞噬物质的一部分搬运到细胞表面，并将它们呈递给其他免疫细胞的过程。「专职的」的抗原呈递细胞共有两种：巨噬细胞和树突状细胞 <ref>[http://www.med66.com/web/qitazhuanye1/sd1502251300.shtml 抗原呈递细胞的种类]，2015-02-25 10:19 医学教育网</ref> 。在吞噬异物后，外来蛋白（即[[抗原]]）会在巨噬细胞或树突状细胞胞内水解为[[多肽]]片段。随后，这些多肽会与细胞的[[主要组织兼容性复合体]]（MHC，为[[糖蛋白]]）结合，携带着多肽的MHC会转运至吞噬细胞的表面，并将多肽「呈递」给淋巴细胞。成熟的巨噬细胞并不会离开感染区域太远，不过树突状细胞能移动到含有数百万淋巴细胞的[[淋巴结]]处。这一过程中，树突状细胞将多肽呈现给淋巴细胞，使淋巴细胞对多肽产生专一性的抗体（这种反应和淋巴细胞直接在感染区域接触抗原后产生的应答是等效的），增加免疫反应的强度。除此以外，树突状细胞还可以杀灭或抑制对自体组织有反应的的淋巴细胞——这对阻止自体免疫反应的发生至关重要，此一过程称为「（免疫）耐受」。