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家世富藏书，其"澹生堂"藏书名闻江左。又创建"读书楼"广储图书，后又名为"弈庆藏书楼"，藏书四万余卷，藏书印有:"祁奕庆图书记"、"奕庆藏书"、"寓山藏书"、"祁奕庆藏书印"等。"理孙"、"理孙之印"、"奕庆"、"智昙"、"法名智昙"、"奕庆藏书"、"藏书楼经籍记子孙世守"等。编撰有《奕庆藏书楼书目》(一作《祁氏读书楼书目》)6册，共4卷，著录图书1598种，42636卷，分经、史、子、集而汇成5大部38类。四部汇实为丛书部，首创丛书与四部并目体例。他把综合性丛书分入丛书部，专门丛书分入各类，取消总集类目。著录详细，除录书名、卷数、著者、版本外，加著者姓名籍贯。该目以收集诗文集、元明传奇、戏曲、杂剧为其特色，计有"名剧汇"72本，收杂剧270种。谢灼华著《中国文学目录学》对其评价较高。祁理孙晚年佞佛，不大爱惜祖传藏书，"视同土苴"。二孙去世后，其数代藏书，渐渐散佚，史家称为江东文献一大厄。明、清著名藏书家如黄宗羲、朱彝尊、全祖望、丁丙等，在其藏书题跋和文集中都曾提及祁氏藏书之源流。