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宋宝佑《仙溪志》记有植物71种；明[[弘治]]《兴化府志》记有植物301种；清[[乾隆]]《仙游县志》<ref>[http://www.mnw.cn/putian/xianyou/2177005.html 清乾隆版《仙游县志》 点校本出版 共53卷]，闽南网，2019-07-08</ref>记有植物284种。

全县植物品种总计有171科，共2876种。其中，藻菌类11科，43属，计划性92种苔藓类4科，5属，计28种；蕨类15科，23属，125种；裸子植物类7科，8属，计81种；孢子植物134科，250属，计2350种。列为国际性国家级保护的珍贵植物有26种。其中，属国家一级保护的有[[水杉]]；属国家二级保护的有[[银杏]]（分布社硎、菜溪等地）、水松（分布仙游山、麦斜、五湖等地）、福建柏、胡桃、格木、[[杜仲]]、金钱松、楠木、铁刀木、云南石梓、红豆杉、山腊梅、青梅、巴戟、[[荔枝]]、小勾儿茶、异形玉叶金花等17种；属国家三级保护的有油杉（分布梧椿、潭边等地）、[[天竺桂]]、木荚红豆树、[[黄杞]]、厚朴、闹阳花、[[龙眼]]等8种。