曲水县属高原温带半干旱季风气候区。日夜温差较大，日照时间长，辐射强，年日照时数近3000小时，无霜期短，年无霜期150天，年降水量441.9毫米。常见的自然灾害有冰雹、山洪、泥石流、干旱、风沙、病虫害等。

拉萨河与雅鲁藏布江流经曲水县。