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根据[[国家宗教事务局]]的国宗〔2004〕122号函以及北京市宗教事务局领导的批示，确定北京伊斯兰教经学院为面向北京市招生的大专学历学校。但因生源匮乏，2004年起北京伊斯兰教经学院停止招生。此后北京伊斯兰教经学院经向北京市宗教事务局以及北京市伊斯兰教协会请示，并同北京市各区县伊斯兰教协会沟通，确定办学方向为“经学教育和培训教育并重”。在中共北京市委统战部《北京市宗教界代表人士2008—2012年培育规划》的指导下，北京伊斯兰教经学院按照北京市宗教事务局（京宗字〔2009〕29号）文件批准“市经学院举办北京市在职阿訇2009级阿语研修班和经学大专班”的要求，举办了北京市在职阿訇2009级阿语研修班和经学大专班<ref>[http://www.zghzxw.com/content-134-331-1.html 北京经学院]，回族学网，2016-09-27</ref>。此后北京伊斯兰教经学院坚持举办类似的培训班。