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独立时期之后，废除了皇家的称号，因为西班牙国王已放弃在墨西哥的统治，因此被称为墨西哥国立教会大学，后来仅剩墨西哥大学之名。曾于1833，1857，1861及1865年被作为叛逆的典型被关闭。马西米连诺一世皇帝将之开放以便之后将其关闭。曾经存在医学，工程，簿记，建筑及法学学习的机构设施，这些在稍晚之后都并入了农业学院。1867年加维诺∙巴雷达博士创建了国立高中，他的学习计划全部来自奥古斯托∙高迈岱的思想。他开始消除直至19世纪仍旧遗存的殖民教育的残余部分。
墨西哥近代大学的最近前身，由胡斯托∙谢拉在1881年2月11日在众议院上提出的计划开始启动。同年4月7日，由阿瓜斯卡连特斯州、哈利斯科州、普埃布拉州和韦拉克鲁斯州的议员支持，在众议院上签发。这个项目没有成功，但是谢拉从未放弃在墨西哥建立一所国立大学的想法。在其规划中，谢拉提出使那些美术、商业、政治科学、法学 <ref>[https://www.sohu.com/a/238573156_700334 专业介绍 | 法学专业 ]，搜狐，2018-06-30 </ref> 、工程、医学、师范学院、高等学习院所、国立高中及女子中学都成为新大学的组成部分。
谢拉于1902年4月13日在公共教育委员会的开幕式上再次提出了他的计划，并于3年后在同一委员会上重提该计划。1905年自公共教育部真正从旧司法部分离后，他的想法获得了更大的支持。谢拉从副部长成为挂靠行政机构的新成立部门的领导。1907年3月30日，在独立百年纪念的范畴内，他公布总统已同意国立大学的立项。1910年9月22日举行了墨西哥国立大学隆重的奠基典礼。
墨西哥国立自治大学大学城的核心校区集中了校舍、体育设施和开阔地，建于1949年至1952年，60多名建筑师、工程师和艺术家参与了这项工程。校园体现出独特的20世纪现代风格，融合了城市化、建筑、工程、景观设计 <ref>[https://www.sohu.com/a/346284539_120341734 园林景观设计技巧大全]，搜狐，2019-10-11</ref> 和艺术，同时借鉴了当地传统，特别是前西班牙殖民统治时期的历史沿革。校园具备突出的社会和文化价值，获得广泛赞许，并跻身拉丁美洲最重要的标志性建筑之一。现代建筑和城市规划原则的最终目标是提升居民的生活质量，纵观全球，能够全面落实这些原则的建筑工程为数寥寥，墨西哥国立自治大学的大学城就是其中之一。
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