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1999年至2001年，他任美國財政部長，接替他的恩師－[[羅伯特·愛德華·魯賓]]。2001年，他離開了財政部回到哈佛大學擔任校長。在擔任校長期間，他曾經觸發三次政治爭議。他曾冒犯[[環境保護]]者、[[平權法案|平权政策]]支持者和很多關心[[婦女]]問題的婦女，被指涉及[[性別歧視]]的爭議言論<ref>[http://news.xinhuanet.com/world/2005-02/07/content_2557936.htm 哈佛大學校長竟稱“女子先天不如男”]，新華網，2005年02月07日</ref>，導致公眾向哈佛大學施壓，最後他被逼辭職。<ref>[http://www6.chinesenewsnet.com/MainNews/Topics/2006_2_21_15_28_46_795.html 多維追擊：哈佛大學校長薩默斯辭職]</ref>2006年6月30日，他離開了哈佛，由前大學校長{{Link-en|德里克·博克|Derek Bok}}暫時代替並且接受邀請返回到大學擔任教授。<ref name="hvrs"/> 另外，依照2006年10月19日的宣佈，他成為了D. E. Shaw & Co 的一個兼職總經理。