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阿尼玛卿山是东昆仑山生物资源最丰富的地区，且不乏珍稀动植物。其中白唇鹿、原羚、马鹿、麝 <ref>[http://hanyu.afanti100.com/hanyu/dict/profile/047badd4ec77dc6d875a18fff00bae17 麞]，阿凡题</ref> 、岩羊、棕熊、野驴、猞猁、盘羊、雪豹、蓝马鸡、黑颈鹤、藏雪鸡等都是中国国家级的保护动物。当地政府已在这里设立了保护区。作为雪豹的繁殖栖息地，这里早已为国际动物学界所关注，已有许多国外的科学家同中国合作，将这里作为雪豹行为生态的研究基地。

半山中是高原草原甸草场，玛积雪山脚下是水草丰盛的高山牧场，泉水交错，灌溉着无数称为"梅朵塘"的草滩 <ref>[http://www.maqu.gov.cn/2018/09/19/449.html 《人间花海、世外乐园 》 西·梅朵塘]，玛曲县人民政府网站，发布日期：2018-09-19 20:50:47</ref> 。夏季片片草滩上花团锦簇，牛羊成群。主峰东侧海拔4000米生长着茂密的高山灌木丛，海拔3200米以下是环山的黄河之滨，蕴育着片片的原始森林。玛卿周围物产丰富，有珍贵的虫草、雪莲等，高山草甸和森林地带生活着雪鸡、马鸡、雪豹、白唇鹿等珍禽异兽。

在植物资源方面，阿尼玛卿山区更有许多珍贵的高山特有种类，冬虫夏草就是其中之一。之所以叫它"冬虫夏草"，并非如一些人所说的它在冬天就"变"成虫，夏天就"变"成草。然而，它却确实是植物和动物的结合体。动物是一种叫做绿蝙蝠蛾的昆虫 <ref>[http://www.sohu.com/a/303159980_100099455 为何蝙蝠蛾偏要遇上虫草菌？冬虫夏草的生长过程实在令人唏嘘！]，搜狐，2019-03-22 21:46</ref> 。

这种昆虫的幼体在长到如结茧前的桑蚕大小时，蛰居土中，到冬季，虫草菌的菌丝侵入虫体内，吸取其养分，致使幼虫因体内充满菌丝而死，夏季自虫体的头部生出一根细长如棒球棍样的子座，露出土外。因而便成了名副其实的"虫草"。子座通常单生，偶尔也有双生的。虫草生长在海拔3600-4000米的高山草甸和灌丛中，它是一种不易多得的医药用菌类植物，体内含有虫草酸 <ref>[http://www.ilife.cn/wenda/health/2-8-102-128640.html 虫草酸是什么？虫草酸的作用与功效有哪些？]，美容美体网</ref> ，具有滋补强壮和润肺等功效。主治肺结核、体弱咳嗽、神经性胃病、食欲不振、筋骨疼痛等症，是青海省主要的出口创汇产品之一。

2015年8月，北京大学山鹰社骆驼登山队14名在校生全员 登顶主峰玛卿岗日，终结了这座山峰近20年无人登顶的记录 <ref>[http://sports.sina.com.cn/outdoor/2015-08-12/doc-ifxftvni8966796.shtml 2015北大登山队全员登顶阿尼玛卿主峰]，2015年08月12日 12:12 新浪户外</ref> 。