分子建模檢視原始碼討論檢視歷史
分子可以由同種原子構成，也可以由不同種類的原子構成。最簡單的分子只含有一個原子，如稀有氣體的分子。大多數非金屬構成的分子為雙原子分子，如氮、氧等分子。化合物是由不同元素組成的分子，為數最多。
分子模型就是直觀的表現分子的空間結構，包括鍵長鍵角，主要是空間構象。還可以旋轉鍵，製造不同的空間構型觀察分子的穩定性。[1]
簡介
分子建模涵蓋了用於建模或模仿分子行為的所有理論和計算方法。該方法應用於計算化學、藥物設計、計算生物學和材料科學等領域。研究從小型化學系統到大型生物分子和材料組裝的分子系統。可以手動執行最簡單的計算，但是不可避免地需要計算機來執行任何尺寸合理的系統的分子建模。分子建模方法的共同特徵是分子系統的原子級描述。這可以包括治療原子作為最小獨立單元（一個分子力學的方法），或明確地與它的光子（一個建模質子和中子以其夸克，抗夸克和膠子和電子的量子化學方法）。 分子力學是分子建模的一個方面，因為它涉及使用經典力學（牛頓力學）來描述模型背後的物理基礎。分子模型通常將原子（原子核和電子）描述為具有相關質量的點電荷。相鄰原子之間的相互作用通過類似於彈簧的相互作用（表示化學鍵）和范德華力來描述。在蘭納-瓊斯勢通常用來形容後者。靜電相互作用是根據庫侖定律計算的。在笛卡爾空間或內部坐標中為原子分配坐標，也可以在動力學模擬中為其分配速度。原子速度與系統溫度（宏觀量）有關。集體數學表達式稱為勢函數，並且與系統內部能量（U）相關，系統內部能量（U）等於勢能和動能之和的熱力學量。使勢能最小化的方法稱為能量最小化方法（例如，最速下降和共軛梯度），而隨時間傳播對系統行為進行建模的方法稱為分子動力學。
評價
隨着分子概念的發展，化學家對於無機分子的了解也逐步深入，例如氯化鈉是以鈉離子和氯離子以離子鍵互相連接起來的一種無限結構，很難確切地指出它的分子中含有多少個鈉離子和氯離子，也無法確定其分子量。 在研究短壽命分子的方法出現以後，例如用微微秒光譜學研究方法，測得甲基的壽命為10-13秒，不但壽命短，而且很活潑，其原因是甲基的價鍵是不飽和的，具有單數電子的結構。 這種粒子還有CH·、CN·、HO·，它們統稱為自由基，僅具有一定程度的穩定性，很容易發生化學反應，由此可見自由基也具有分子的特徵，所以把自由基歸入分子的範疇。 現在常規使用分子建模方法來研究無機，生物和聚合物系統的結構、動力學、表面性質和熱力學。使用分子建模已研究的生物活性類型包括蛋白質摺疊、酶催化、蛋白質穩定性，與生物分子功能相關的構象變化以及蛋白質，DNA和膜複合物的分子識別。
視頻
分子結構模型