吳興祚，字伯成，號留村，浙江山陰縣人。清朝政治人物。
順治七年（1650年）貢生，時年十七歲。授江西萍鄉縣知縣，遷山西大寧縣知縣，升山東沂州知州，復坐事降補無錫縣知縣。因為打擊海盜有成效，被授任福建按察使。為清廷收復鄭成功所占廈門、金門等地。於1682年2月1日－1689年8月8日期間，奉旨接替金光祖擔任廣東廣西總督。後遭到彈劾降職。吳興祚留下許多著作，包括《宋元聲律選》、《史遷句解》、《粵東輿圖》等。