昌吉回族自治州衛生健康委員會
內設機構
（一）昌吉回族自治州獻血委員會辦公室
主要職責任務
執行自治州獻血委員會關於獻血、用血的工作規劃，制定自治州年度、季度的獻血計劃並組織實施；負責自治州的血液調配和管理；宣傳無償獻血的意義，普及獻血的科學知識，開展預防和控制經血液途徑傳播疾病的教育；負責對各縣市獻血工作實行目標管理，並進行監督考核；負責對州直機關、企事業單位、外地駐昌機構完成獻血工作計劃的情況進行監督；負責審批、監督臨床用血和用血費用的減免或加收；負責監督、管理無償獻血基金的使用；負責獻血[1]、採血、供血和醫療臨床用血的監督管理；承辦自治州獻血委員會交辦的其他工作。
（二）昌吉回族自治州保健委員會辦公室
主要職責任務：
負責組織、安排、協調、指導保健對象的醫療保健工作；定期組織保健對象進行健康體檢，安排符合條件的保健對象的休假和療養工作；承辦自治州保健委員會交辦的其他工作。
（三）昌吉回族自治州醫藥衛生學會聯合辦公室
主要職責任務：
負責組織開展醫藥衛生學術交流、科普宣傳、繼續教育[2]、醫療事故技術鑑定等工作;承擔自治州醫藥衛生學會日常管理工作。
（四）昌吉回族自治州流動人口計劃生育服務中心
主要職責任務：
負責全州流動人口衛生和計劃生育服務管理工作；協調有關部門完善流動人口計劃生育綜合治理和服務管理機制；監督檢查流動人口計劃生育法律法規的落實執行情況；指導縣市做好流動人口計劃生育服務與管理工作，組織實施流動人口衛生和計劃生育基本公共服務均等化工作。建立和完善流動人口區域協作機制，指導縣市加強流動人口計劃生育區域協作。
（五）昌吉回族自治州疾病預防控制中心
主要職責任務：
承擔疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導等工作。
內設機構：
昌吉回族自治州疾病預防控制中心設辦公室（突發公共衛生事件應急處置辦公室）、總務保衛科、計劃財務科、質量管理科、老幹部管理科、職業衛生科、疾病預防控制科、免疫規劃科、健康教育信息科、地方病防治科、性病艾滋病預防控制科、結核病預防控制科、慢性病防治科、檢驗科、病媒微生物防治科、預防醫學門診部，內設機構規格相當於科級。
（六）昌吉回族自治州衛生計生綜合監督執法支隊
主要職責任務：
負責監督檢查衛生計生法律法規的落實情況，依法開展公共場所衛生、飲用水衛生、學校衛生、醫療衛生、傳染病防治、職業衛生、放射衛生、計劃生育和中醫服務等綜合監督行政執法工作，查處違法行為。
3、內設機構：
昌吉回族自治州衛生計生綜合監督執法支隊設辦公室、計劃生育監督和許可審辦科、稽查科、醫療衛生監督科、公共衛生監督科、職業衛生監督科，內設機構規格相當於科級。
（七）昌吉回族自治州婦幼保健計劃生育服務中心
主要職責任務：
承擔轄區內婦幼保健、婦女兒童常見病防治、圍產保健、助產技術服務、計劃生育技術服務、出生缺陷綜合防治、婦幼保健計劃生育信息管理、服務質量監測等工作，對下級服務機構進行技術指導與培訓，接受下級轉診。
內設機構：
昌吉回族自治州婦幼保健計劃生育服務中心設辦公室、孕產保健部、婦女保健部、兒童保健部、計劃生育技術服務部，內設機構規格相當於科級。
（八）昌吉回族自治州紅十字會中心血站
主要職責任務：
負責在自治州範圍內開展無償獻血者的招募、血液的採集與製備、臨床用血供應以及醫療用血的業務指導；供血區域範圍內血液儲存的質量控制；對自治州中心血庫進行質量控制。
（九）昌吉回族自治州緊急救援中心
主要職責任務：
承擔我州醫療衛生突發事件及緊急救護工作。
（十）昌吉回族自治州計劃生育藥具站
主要職責任務：
貫徹執行國家有關計劃生育藥具的方針、政策；擬定昌吉州計劃生育藥具管理辦法並組織實施；承擔計劃生育藥具貯存、供應等工作;相關人員培訓和社會基本公益服務,監督管理計劃生育藥具零售市場。
（十一）昌吉回族自治州人民醫院
主要職責任務：
醫療與護理、醫學教學、醫學研究、衛生醫療人員培訓、衛生技術人員繼續教育、保健與健康教育、社區衛生醫療服務指導、康復及醫藥文化傳播。
內設機構：
黨辦、院辦、人事科、宣傳科、醫教部、護理部、財務科、總務科、退管科、保衛科、審計科、質量管理科、車隊、設備科、醫保科、網絡信息管理中心，內設機構規格相當於科級。
（十二）昌吉回族自治州中醫醫院
主要職責任務：
醫療與護理、醫學教學、醫學研究、衛生醫療人員培訓、衛生技術人員繼續教育、保健與健康教育、社區衛生醫療服務指導、康復及中醫藥文化傳播。
內設機構:
院辦、黨辦、宣傳科、人事科、經審科、財務科、醫務部、護理部、質量管理科、科教科、醫保辦、信息網管科、設備科、退管辦、保衛科、總務科，內設機構規格相當於科級。