種系
種系發生
系統發生學（希臘語：φυλογένεση，φύλο，現代希臘語：fílo- 種系，性別和γεννήση，現代希臘語：jénnissi- 新生，誕生。 [2] 英語：Phylogenetics，又稱系統發育學，簡稱為譜系學）是研究生物個體或群體（例如物種或種群）之間的演化歷史和關係。這些關係是通過系統發育推理方法被發現，這些方法評估被觀察到的可遺傳性狀，例如在這些性狀的進化模型下的DNA序列或形態。 這些分析的結果是系統發生（也稱為系統發生樹phylogenetic tree） - 關於一組生物的進化關係歷史的圖解假設。 系統發生樹的尖端可以是生物體或化石，並代表進化譜系中的「末端」或現在。 系統發生學分析已成為理解生物多樣性、進化、生態學和基因組的核心。
生物分類學是生物的識別，命名和分類。 它通常由系統發生學提供豐富的信息，但仍然是一種方法論和邏輯上不同的學科。 [3]
這個概念不單止用於動物種系的發生與發展，還會用在系統學各個層面的分類單元上面。它也會被用到某一特徵的在生物發育過程中的進化這一方面。
系統發生學的研究是通過以下的手段實現：
- 化石形態學和解剖學特徵的比較和研究，
- 現存生物的形態學，解剖學和生理學特徵的比較，
- 生物，特別是現存生物的個體發生研究，
- DNA分析，例如測序和分子系統發生學方法。
通過這些數據，人們就可以為生物建立一棵系統發育樹（進化樹），其中描述了各個物種之間可能有的親緣關係。
系統發生學研究的最大困難是，系統發生學的進化過程是不能被直接通過觀察和實驗被證實的。所以各個方面的證據都要被綜合起來分析。由於對這些證據的側重不同，會經常造成有多個不同的演化樹版本，例如原口類動物的幾個門究竟是歸到蛻皮動物（來自遺傳學方面的證據）還是觸手動物（形態學方面的證據）。
特徵分為同源和同功兩種。
同源，例如同源器官或是同源的行為方式，會顯示出相同的軀體基本構造，因為環境的不同而進化成不同的外形或功能。同源器官的外形和功能可以相差很大。一個很好的例子就是脊椎動物的前肢。它們可以成為足，翅膀（鳥，翼龍，蝙蝠），鰭（魚，企鵝，魚龍，鯨），手（人類，猿和一些恐龍），挖掘工具（田鼠，裸濱鼠，袋鼴)。但其骨骼構造卻是相似的。這些相似性只能用系統發生學的理論去解釋。
同源特徵證實了物種間的親緣關係，是重構進化樹的有力手段。同源現象在生物學中可以進一步分為直系同源（直系同源是指在不同物種中的某一基因來自同一祖先）和旁系同源（種系間的基因複製） 。
- 同功，例如同功器官外形的相似，功能的相同，但它們卻是通過趨同演化獨立發展出來開的。如墨魚的眼睛和脊椎動物的眼睛，它們外形構造相似，功能都是感光。但透過顯微鏡可看到，它們的微細結構不一樣。對個體發生的研究顯示，它們是從不同胚層發育而來的。同功現象並不是親緣關係的證據。
參考文獻
- ↑ | 百度漢語
- ↑ [Liddell, Henry George; Scott, Robert; Jones, Henry Stuart. A Greek-English lexicon 9. Oxford: Clarendon Press. 1968: 1961.]
- ↑ [Edwards AWF; Cavalli-Sforza LL. Reconstruction of evolutionary trees. (編) Heywood, Vernon Hilton; McNeill, J. Phenetic and Phylogenetic Classification. 1964: 67–76. OCLC 733025912. Phylogenetics is the branch of life science concerned with the analysis of molecular sequencing data to study evolutionary relationships among groups of organisms.]