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生物分類學：是一門研究生物類群間的異同以及異同程度，闡明生物間的親緣關係、進化過程和發展規律的科學。

生物分類學（biotaxonomy）通常直接稱分類學（taxonomy；taxonomie；taxonomía），是一門研究生物類群間的異同以及異同程度，闡明生物間的親緣關係、進化過程和發展規律的科學。要將生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準確定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體內寄生並複製，但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養，生殖等現象。

又如引起瘋牛病的阮粒（prion）可以造成感染卻無DNA成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質，經由與RNA的轉錄轉譯過程，形成蛋白質，再進一步形成組成細胞的各個部分，如細胞膜、胞器等，而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。

這種分類應該反映不同生物體間的進化樹關係。分類學把生物劃分為不同的群，而系統學試圖尋找生物之間的關係。占主導地位的分類法是林奈氏分類系統（Linnaean），它包括一個屬名和種加詞。

原核生物：是一些由無細胞核的細胞組成的單細胞或多細胞的低等生物。主要包括細菌、支原體和植物中的藍藻門。一般沒有細胞內膜，沒有染色體和細胞核膜。 一般以為地球上最早的生命是原核生物，和現存的古細菌相似。

• 生物分類學主要分為八個層次：
• 域 (Domain)
• 界 (Kingdom)
• 門 (Phylum)
• 綱 (Class)
• 目 (Order)
• 科 (Family)
• 屬 (Genus)
• 種 (Species)

• 而在這些等級之上，科學家還加上了「超」、「亞」等區別（如「超科」、「亞種」等）以作更精細的劃分。

林耐時代沒有「域」的劃分，這是後來的科學家加上去的。最新的劃分包括了五個域：

• 普利昂（病源蛋白）域 (Prionabiota)
• 病毒域 (Virusobiota)
• 古菌域 (Archaea)
• 細菌域 (Bacteria)
• 真核域 (Eukarya)
• 前兩者屬於非細胞生物而後三者屬於細胞生物。人類屬於第五域的「真核生物」。

真核域之下一般分為四個「界」： [[原生生物界 (Protista) 真菌界 (Fungi) 植物界 (Plantae) 動物界 (Animalia) 不用說人類屬於動物界。

動物界之下則包括了眾多的「門」，例如海綿所屬的「多孔門」、昆蟲和蝦蟹所屬的「節肢門」、蝸牛和八爪魚所屬的「軟體門」、貝殼類所屬的「腕足門」、海星、海膽、海參所屬的「棘皮門」、以及魚類、鳥類、爬行類所屬的「脊索門 （Chordata） 」。人類屬於「脊索門」下的「脊椎亞門 （subphylum invertebrata)）」。

脊椎動物之下主要分為五個「綱」：魚綱（Pisces） 、兩棲綱（Amphibia） 、爬行綱（Reptilia）、鳥綱 （Aves）和哺乳綱（Mammalia） 。不用說人類屬於「哺乳綱」。

留意哺乳綱之下又分為「原獸亞綱（Protheria）」、「後獸亞綱（Metatheria）」和「真獸亞綱（Eutheria）」，第一種包括了我們不太熟悉的鴨嘴獸（platypus）、第二種包括了我們十分熟悉的袋鼠、而第三種則包括了我們一般所認識的哺乳動物。嚴格來說，鴨嘴獸和袋鼠都不是真正胎生的。

真獸亞綱之下分為眾多的「目」，例如包括了牛、羊、鹿、駱駝等的「偶蹄目」、包括了馬和犀牛等「奇蹄目」、包括了獅、虎、豹、貓、犬等的「食肉目（Carnivora）」、包括了老鼠、葵鼠和松鼠的「嚙齒目（Rodentia） 」、包括了鯨和海豚的「鯨目（Cetacea）」等。而人類則屬於「靈長目（Primate）」。

靈長目之下包括了「狐猴亞目（Prosimii） 」和「類人猿亞目（Anthropoidea）」，前者包括了現今主要生活在馬達卡斯卡島（Madagascar）的狐猴、懶猴、指猴等「超科（Superfamily）」，而後者則包括我們所熟悉的猴類和猿類兩大超科，後者的正式名稱是「類人猿超科（Hominoidea）」，也就是人類所屬於的分類。

類人猿超科之下包括了兩個大科：「長臂猿科（Hylobatidae）」和「人科（Hominidae）」。人類、大猩猩（gorilla） 、黑猩猩（chimpanzee） 、褐猩猩（orang-utan）、倭猩猩（bonobo apes）和牠們的直系祖先，都是「人科」之下的不同的「屬」。

在二十世紀初，人屬（Homo）之下便只有「現代人」這個代表。但過去近百年的古人類學的研究，顯示在現代人出現之前，地球上曾經存在過不同的人屬生物，例如二百萬年前的「能人（Homo habilis）」和五十萬年前的「北京猿人（Homo erectus）」等。 「habilis」 和 「erectus」 等便代表了他們在「種」之一層次的劃分。而現代人的正式學名是Homo sapiens ，中文稱「智人」。

生物命名規範

關於如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在1997年出版，它試圖在三個領域標淮化命名，但現在還沒有被正式採納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是不屬於生物命名法規的。

生物分界

傳統上，生物分為五界，由Sahn等於1949年提出：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 真菌界 -- 植物界 -- 動物界

Copeland提出過四界說：

• 菌界（細菌和藍藻） -- 原生生物界 -- 植物界 -- 動物界

也有人使用三域說。這種分類方法反映了細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。

• 古菌域 -- 細菌域 -- 真核域

另有一些不屬於上述所有分類的介於生物和非生物之間的生命形式，即只能寄生於細胞內的病毒，而它們在細胞外並不表現出活躍的生命形式。

• 病毒 -- 類病毒 -- 阮病毒

分類表

生物分類總表

這個列表以NCBI Taxonomy上的分類爲基礎。

生物詳細分類表

• 古菌分類表
• 細菌分類表
• 植物分類表 (NCBI)
• 動物分類表
• 真菌分類表
• 原生生物分類表

古菌域

包含嗜鹽菌、一些超嗜熱菌、嗜酸菌等。

細菌域

包含放線菌、衣原體、支原體、立克次體等。

真核生物域

植物界

包含綠藻、輪藻、苔蘚植物、蕨類植物、種子植物等。

真菌/後生動物組

真菌/後生動物組除動物界和真菌外，還包含領鞭毛蟲、魚醉菌等。

動物界

即「後生動物」組。

真菌界

包括子囊菌、擔子菌、接合菌、壺菌、聚合菌和微孢子蟲。

其餘真核生物（原生生物和真核藻類）

真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物，爲併系群。

• 等輻骨蟲綱（Acantharea），如等棘蟲。
• 放射蟲綱
• 雙滴蟲類（Diplomonadida），如曲滴蟲、賈第蟲。
• Parabasalidea
  • 毛滴蟲綱（Trichomonada）
  • 超鞭毛綱（Hypermastigia）
• 異葉足綱（Heterolobosea），如集胞菌。
• 眼蟲門
  • 動質體目（Kinetoplastida）
  • 眼蟲綱
• 隱藻綱（Cryptophyta）
• 定鞭藻綱（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
• 不等鞭毛類，除下列分類還包括輻球蟲、蛙片蟲等。
  • 金藻綱
  • 硅鞭藻綱（Dictyochophyceae）
  • 針胞藻綱（Raphidophyceae）
  • 前毛壺菌綱（Hyphochytriomycetes）
  • 卵菌綱
  • 褐藻門，如海帶、巨藻、馬尾藻、墨角藻。
  • 硅藻門
  • 黃藻門
• 囊泡蟲類
  • 頂複門，如瘧原蟲。
  • 纖毛蟲類，如喇叭蟲、中縊蟲、榴彈蟲、草履蟲、四膜蟲。
  • 甲藻門
• 單孢子蟲門（Haplosporidia）
• 絲足蟲類
• 根腫菌類（Plasmodiophorida）
• 粒網足蟲類（Granuloreticulosea），如有孔蟲。
• 葉足綱（Lobosea），如變形蟲（阿米巴）。
• 黏菌門
• 灰胞藻綱（Glaucocystophyceae）
• 紅藻門，如石花菜、紫菜。

註：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未歸類原生生物。

參見

• 進化生物學、系統生物學
• 亞里士多德：《工具論》
• 林奈：雙名法